Året er 1918. Første verdenskrig raser i Europa, mens Erna Jensen (Trine Dyrholm) lever et rolig og beskjedent liv i Sønderjylland sammen med sin enfoldige sønn Kalle (Sylvester Byder).
En dag banker den lokale lensmannen Meier (Ulrich Thomsen) på døren for å hente Kalle til militærtjeneste for Det tyske keiserriket, som Sønderjylland på det tidspunktet er en del av.
Men Erna nekter å sende sin eneste sønn til skyttergravskrigen. Hun bestemmer seg for å handle, og kler seg ut som menig soldat for å følge Kalle og et regiment av sønderjyske menn til fronten.
I møte med soldaten Anton Seiersen (Anders W. Berthelsen) vekkes ukjente sider i Erna til live – og en mørk fortid kommer frem i lyset, og alt forandres.
Erna i krig er regissert av Henrik Ruben Genz og basert på romanen med samme navn av Erling Jepsen.